এদিকে শিক্ষামন্ত্রণালয়ের ওয়েবসাইটে ১৯ সেপ্টেম্বরের এক চিঠিতে বলা হচ্ছে “সম্প্রতি ইসলামী ছাত্রীসংস্থা নামে একটি ছাত্রী সংগঠন কিছু কিছু শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে ছাত্রী ও সরলমনা ধর্মভীরু মহিলাদের জিহাদে অংশগ্রহণসহ প্রচলিত সংবিধানের বাইরে সমাজ প্রতিষ্ঠা করা তথা দেশে অস্থিতিশীল পরিস্থিতি সৃষ্টির হীন-লক্ষ্যে জিহাদি মনোভাবাপন্ন করে তোলার অপচেষ্টা করছে মর্মে জানা যায়”।
চিঠিতে প্রাপক হিসেবে রেজিস্টার, ইসলামি আরবি বিশ্ববিদ্যালয় এর কথা উল্লেখ করা হয়েছে। সেখানে আরও বলা হয়েছে “অনতিবিলম্বে এই অপচেষ্টা বন্ধ করা প্রয়োজন। বর্ণিতাবস্থার পরিপ্রেক্ষিতে ফাজিল ও কামিল মাদ্রাসায় অনুরূপ কর্মকাণ্ড যাতে না ঘটে তার জন্য প্রয়োজনীয় ব্যবস্থা গ্রহণ করতে নির্দেশক্রমে অনুরোধ করা হলো”।